Trong khoảng hai mươi năm trở lại đây, gà Tre Nam Bộ bị suy giảm số lượng nghiêm trọng do các nguyên nhân sau:

• Không mang lại hiệu quả kinh tế nên không được nuôi.
• Bị lai tạo với các giống gà thịt khác để tăng trọng lượng rồi bán về thành thị làm món đặc sản vì thịt gà tre vốn có tiếng là ngon.
• Bị lai tạo với gà chọi (gà nòi lông), gà Mỹ, Asil, Pêru, Mã Lai nhằm cải thiện tầm vóc, thể lực và khả năng dùng cựa sắt phục vụ cho giới chọi gà.
• Cơn sốt các giống gà cảnh khác như gà tre Tân Châu mà thực ra là một sản phẩm lai tạo từ gà tre Nam Bộ với các giống gà khác của những người nuôi gà cảnh vùng An Giang, gà tre Thái Lan, Malaisia, Nhật Bản... đã thúc đẩy những người nuôi gà cảnh ít ỏi còn lại từ bỏ giống gà tre nguyên thủy hoặc lai tạo chúng với các giống gà trên càng làm cho gà tre Nam Bộ tiến nhanh đến nguy cơ tuyệt chủng.

Gà tre Nam Bộ là một nguồn gen độc đáo của Việt Nam nhưng do không được quan tâm nên số phận chúng đã gần như mai một. May ra ở đâu đó thuộc những nơi vùng sâu vùng xa còn sót lại một vài nhóm cá thể thuần chủng. Nếu có thì chúng cũng rất dễ suy thoái do cận huyết hoặc bị lai tạo với các giống gà khác do tập quán nuôi thả tự nhiên và sự thiếu quan tâm của nhiều người.